At gemme tillades kun når alle konflikter er løste. Hvis filen allerede eksisterer og tilvalget “Sikkerhedskopiér filer” er markeret, ændres originalversionens navn med tilføjelse af filendelsen .orig, og hvis en sådan fil allerede eksisterer slettes den. Når du afslutter eller starter en ny sammenligningsanalyse og data ikke er gemt endnu, spørger KDiff3 om du vil gemme, annullere eller fortsætte uden at gemme. (KDiff3 fanger ingen signaler, så hvis du “dræber” KDiff3 går dine data tabt.)
Linjeslut gemmes ifølge den normale metode i det underliggende operativsystem. For Unix slutter hver linje med et nylinjetegn \n, mens Windows®-baserede system slutter hver linje med et returtegn og et nylinjetegn \r\n. KDiff3 beholder ikke linjeslut for inddatafilerne, hvilket også betyder at du ikke skal bruge KDiff3 med binære filer.
